Unidad III — Ecología de comunidades

Material reproducible · ANVIDEA · Universidad del Magdalena

Esta unidad integra herramientas modernas para el análisis de la diversidad biológica desde sus tres dimensiones: taxonómica, funcional y filogenética.

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Abre unidad_iii/ en RStudio

Instala los paquetes requeridos

Ejecuta run_unidad3.R

Nota

Este portal no ejecuta código. Todos los análisis se realizan de forma local en RStudio.

Capítulos

Capítulo 7 — Diversidad taxonómica

Índices clásicos, curvas rango-abundancia, GLMs, PERMANOVAs, diversidad beta y números de Hill taxonómicos.

Alfa · Beta · Gamma iNEXT iNEXT.3D vegan
Ver carpeta →

Capítulo 8 — Diversidad funcional y filogenética

Métricas funcionales (FRic, FEve, FDiv, FDis, RaoQ), partición de Rao y números de Hill funcionales y filogenéticos.

TD · FD · PD FD iNEXT.3D ape · taxize
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Acceso al material

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Ejecución

# Toda la unidad desde unidad_iii/
source("run_unidad3.R")

# Solo capítulo 7 — desde cap7-diversidad-taxonomica/
source("run_cap7.R")

# Solo capítulo 8 — desde cap8-diversidad-funcional-filogenetica/
source("run_cap8.R")

Tip

Ejecuta primero el Capítulo 7 y luego el Capítulo 8. La progresión conceptual es: Taxonomía → Función → Filogenia.

Paquetes requeridos

# Capítulo 7
install.packages(c(
  "tidyverse", "readxl", "writexl", "vegan",
  "adespatial", "betapart", "ade4", "kableExtra",
  "mvabund", "MASS", "glmmTMB", "RVAideMemoire"
))

# Capítulo 8
install.packages(c(
  "tidyverse", "readxl", "writexl", "FD",
  "ape", "taxize", "vegan", "ade4", "kableExtra"
))

# Desde GitHub (ambos capítulos)
remotes::install_github("AnneChao/iNEXT.3D")
remotes::install_github("AnneChao/iNEXTbeta3D")

Advertencia

Errores frecuentes: rutas alteradas al mover carpetas, nombres de archivos modificados, paquetes no instalados, o desajustes entre matrices de abundancia, rasgos y filogenia (Cap. 8). Consulta el README de cada capítulo antes de ejecutar.

Progresión conceptual

Dimensión	Descripción	Capítulo
Taxonómica (TD)	Identidad y abundancia de especies	7
Funcional (FD)	Rasgos ecológicos y estrategias de vida	8
Filogenética (PD)	Historia evolutiva compartida	8